3-Indolessigsäure ist eine Art pflanzliches Auxin. Auxin hat viele physiologische Wirkungen, die mit seiner Konzentration zusammenhängen. Eine niedrige Konzentration kann das Wachstum fördern, und eine hohe Konzentration hemmt das Wachstum und tötet sogar Pflanzen ab. Diese hemmende Wirkung hängt damit zusammen, ob sie die Bildung von Ethylen induzieren kann. Die physiologischen Wirkungen von Auxin manifestieren sich auf zwei Ebenen. Auf zellulärer Ebene kann Auxin die Teilung von Kambiumzellen stimulieren; die Verlängerung der Zweige stimulieren und das Wachstum der Wurzelzellen hemmen; fördern die Differenzierung von Xylem- und Phloemzellen, fördern die Stecklingswurzel und regulieren die Morphologie des Kallus. Auf Organ- und Pflanzenebene wirkt Auxin vom Keimling bis zur Fruchtreife. Auxin kontrolliert die reversible Rotlichthemmung der Hypokotylverlängerung bei Sämlingen; Wenn es auf die Unterseite der Triebe übertragen wird, erzeugt es einen Zweiggeotropismus. Wenn es auf die Hintergrundbeleuchtungsseite der Aufnahmen übertragen wird, erzeugt es einen Verzweigungsphototropismus. 3-Indolessigsäure verursacht einen apikalen Vorteil und verzögert das Altern der Blätter. Auxin fördert die Blüte, induziert die parthenokarpische Fruchtentwicklung und verzögert die Fruchtreife.